分离环节是益生菌生产中至关重要的步骤，直接影响菌粉的品质。该环节能够去除发酵液杂质、提升菌体纯净度等。在分离环节操作过程中，需严格控制处理温度、转速、压力和排料周期，才能保证产品的质量，因此，分离系统对工程化设备选型与环境和工艺控制有着更高要求，是生产更高质量的益生菌菌粉的决定性因素。
微康益生菌智能制造工厂的高效菌体分离系统，拥有符合医药级生产的GMP恒温恒湿净化车间，配备了源于德国GEA定制—全球最大（亚洲首台）Wecare-CSI300碟式离心系统，该系统通过充氮液封柔性进料，实现对高活性菌体的全封闭厌氧保护及高效稳定固液分离，配置在线CIP＆SIP清洗和蒸汽灭菌；不仅能够确保产品的高纯度与高活性，也能保证产品批次间稳定。该套离心系统机组，效率高达40吨/小时，通量可满足超400吨发酵规模的高密度益生菌菌液连续化处理；为终端生产更高品质的益生菌产品提供了坚实保障。
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